Имом Бухорий Пайғамбаримиз соллаллоҳу алайҳи васалламнинг саҳиҳ ҳадисларини тўплаб, ислом оламига танилганидан сўнг она ватанига қайтиб келади. Бухоро халқи ўзининг фахри бўлган муҳаддис олимни шодлик билан кутиб олади. Одатдагидек буюк муҳаддис халққа ҳадис айтишни бошлайди.
Дарсларда сон-саноқсиз одамлар ҳозир бўлар эди. Кучли ва ёқимли овоз соҳиблари Имом Бухорий айтган ҳар бир ҳадисни халққа етказиб турар эди.
Халқ ғоятда хурсанд бўлиб, Имом Бухорийдан дарс олиш бахтидан мамнун эди. Кун сайин дарс иштирокчилари кўпайиб, атрофдаги қишлоқлардан ҳам одамлар келиб, уларга қўшилар эди. Бу билан Имом Бухорийнинг обрў-эътибори янада ортиб борар эди. Шундай бир пайтда Бухоронинг волийси Холид ибн Аҳмад Зўҳлий Имом Бухорийга одам юбориб, фарзандларига “Саҳиҳул Бухорий” ва “Тарих”дан дарс беришни талаб қилади. Имом Бухорий унинг ҳузурига боришдан бош тортади. Волий яна одам юбориб, Имом Бухорийдан ўз фарзандлари учун алоҳида, бошқаларни аралаштирмасдан ҳадис мажлиси ўтказишни амр қилади. Имом Бухорий бу буйруқни ҳам қабул қилмайди. Оқибатда волий Имом Бухорийни Бухородан чиқариб юборишни амр қилади.
Имом Бухорий дуоси мустажоб – тўхтовсиз қабул бўладиган зотлардан эди. Қийналгани сабабли ўзига зарар берган одамлар ҳақида: “Эй Аллоҳим! Менга қилган душманлигини ўзига, авлодларига ва аҳли аёлига кўрсатгин!” дея дуо қилади. Бир ой ўтмасдан Тоҳирийларнинг амири келиб, волий Холид ибн Аҳмад Зўҳлийни ишдан олади. Кейин у ҳажга бориш мақсадида йўлга чиқади. Бағдодга етганида халифа Мўътамаднинг укаси Муваффақ ибн Мутаваккил уни тутиб қамайди ва у қамоқда вафот этади.
Бошқалар ҳам аҳли оиласи билан балога учраб, бошига кўп қийинчиликлар тушади.
Имом Бухорий Бухородан чиқиб, Самарқанд томон юзланади. У киши йўлда Самарқанд волийси ҳам у кишининг келишидан хурсанд эмаслигидан хабар топади. Шу сабабли Самарқандга етмай, икки фарсах масофадаги Хартанг қишлоғида яшовчи қариндошиникига келиб тушади. Имом Бухорий кечалари намоз ўқиб ибодат қилар эди. Бир кеча тунги намоздан кейин: “Эй Аллоҳим! Ер юзи барча нарсаси ила менга тор бўлиб қолди. Мени ўзингга олгин!” деб дуо қилади. Шундан кейин бир ой ўтмай вафот этади.
“Табақот аш-Шофийя” китобида Муҳаммад ибн Абу Ҳотим Имом Бухорий уйида яшаган Ғолиб ибн Жаброилдан бундай ҳикояни келтиради: “Абу Абдуллоҳ бизникида бир неча кун яшади. Кейин бемор бўлиб қолди. Аҳволи оғирлашганда, Самарқанд волийсининг элчиси келиб, ўзи билан бирга олиб кетишини айтди. Чунки Самарқанд халқи волийдан Имом Бухорийнинг келишини талаб қилган эди. Улуғ меҳмонимиз Самарқандга боришга тайёрлана бошлади. Маҳсиларини кийди. Салласини ўради. Мен у кишининг билагидан суяб йигирма қадам юрган вақтимда, бошқа киши миниши учун уловни етаклаб келаётганда, у киши: “Мени қўйинглар, юришга ҳолим бўлмаяпти”, деб ўтириб олди. Шу вақтда у кишидан жуда кўп тер оқди. Бир қанча дуолар қилганидан кейин ёнбошлади ва жон таслим қилди. Имом Бухорийнинг бизга қилган васиятлари орасида: “Мени учта оқ мато билан кафанланглар. Улар орасида кўйлак ва салла бўлмасин”, деди. Биз шундай қилдик”.
Абдулвоҳид ибн Одам Тавовусий айтади: “Расулуллоҳ соллаллоҳу алайҳи васалламни тушимда кўрдим. У зот билан бирга бир тўп саҳобалари ҳам бор эди. У зот бир жойда турибдилар. Салом берган эдим, алик олдилар.
“Эй Аллоҳнинг Расули! Бу туришингизнинг боиси не?!” дедим.
“Муҳаммад ибн Исмоилни кутиб турибман”, дедилар.
Бир неча кундан кейин унинг вафоти ҳақида хабар келди. Текшириб кўрсам, Набий соллаллоҳу алайҳи васалламни тушимда кўрган кунда Имом Бухорий вафот этган экан”.
Имом Бухорий Рамазон ҳайитига ўтар кечаси хуфтон намози вақтида вафот этди. Рамазон ҳайити куни, жума намозидан кейин 256/870 йили биринчи шаввол куни Хартангда дафн қилинди.
“Ал-Бидоя ван-Ниҳоя” китобида Имом Бухорийнинг дафн маросимига бош-қош бўлган Иброҳим ибн Муҳаммаддан ривоят қилинади: “Мен Муҳаммад ибн Исмоилнинг дафн маросимига мутасадди бўлганман. У Хартангда вафот этганидан кейин Самарқанд шаҳрига олиб бориб дафн қилмоқчи бўлдим. Аммо бир ўртоғимиз бунга қаршилик қилгач, Хартангга дафн қилдик”.
“Ал-Бидоя ван-Ниҳоя” ва бошқа манбаларда ёзилишича, Имом Бухорий қабрининг тупроғидан мушк-анбарнинг ҳиди анқиб чиқиб, қабр устидан оппоқ устунлар осмонга қараб бўй чўзган экан. Буни кўрган одамлар Имом Бухорийнинг авлиё зот эканини гапирган. Имом Бухорий бу дунёда ўн уч кун кам олтмиш икки йил ҳаёт кечирган.