Amir Shohmurod davrida maktab va madrasalardagi taʼlim jarayoni tartibga solingan va ular ustidan nazorat kuchaytirilgan. Maktablarda barcha bolalarni savodini chiqarish uchun qamrab olishga alohida eʼtibor qaratilgan. Madrasalarda hisob, oʻqish, yozish, fors va arab tillari grammatikasi hamda diniy bilimlarni chuqur oʻrgatish yoʻlga qoʻyilgan. Talabalarga madrasa vaqflari hisobidan stipendiyalar joriy qilinishi va yashashi uchun hujralar taqdim qilinishi ilm olishni istaganlar sonini oshirdi. Amir Shohmurodning taʼlim tizimidagi islohotlari haqidagi Sadriddin Ayniy (1878-1954)ning asarida maʼlumotlar uchraydi. U oʻz “Esdaliklari”da quyidagilarni qayd etib oʻtgan: “Amir Shohmurod madrasa hujralarini turar-joyga yaroqli qilish maqsadida quyidagi mazmunda farmon chiqargan. Har bir talaba madrasa hujralarining birini oʻz harji va mehnati bilan obod qilib, unga kirib oʻtirsa, hujra u talabaniki boʻladi va qachonki talaba hujrani tark etmoqchi boʻlsa, hujrani tuzatishga sarf qilgan mablagʻini boshqa bir talabadan olib, hujrani uning nomiga oʻtkazishi mumkin”. Bu tadbir yaxshi natija berib, Buxoro va Samarqand madrasalarining hujralari obod boʻldi va bir qancha yillar madrasa hujralarining talabadan-talabaga oʻtishi-tuzatishga sarf boʻlgan haqiqiy mablagʻning “oldi-sotdi”si boʻlar va talaba boʻlmagan kishi, bunday turar joyga yaqinlashmas edi” [7: 167]. Yana bir mahalliy tarixchi olim Ahmad Donish oʻzining “Risola yoxud mangʻitlar xonadoni saltanatining qisqacha tarixi” nomli asarida yozishicha, Amir Shohmurod masjidlarga imom va muazzin (azon aytuvchi)larni, xonaqohlarga shayx, madrasalarga mudarrislarni ham tayinlaydi [8: 25]. Xorij tadqiqotchisi Anke fon Kyugelgen tarixiy manbalarga tayanib, Amir Shohmurod madrasada tahsil oluvchi talabalarga soliqlardan tushgan daromad hisobidan nafaqa (stipendiya) toʻlashni joriy etgani xususida maʼlumot beradi.
Amir Shohmurod saroyida madaniy muhit yaxshi shakllangan boʻlib, diniy fanlar va tarixnavislik rivojlangan. Amir Shohmurod Mir Arab madrasasida chuqur diniy taʼlim olgan boʻlib, shariat va islom dini arkonlariga oid bilimlarni yaxshi oʻzlashtirgan. U xanafiy mazhabiga doir fatvolarni jamlab, asosan Buxoro ulamolarining fatvosi asosida, “Fatovoyi ahli Buxoro” nomli asar yozgan. Afsuski, bu asar tugallanmay qolgan [9: 331-333]. Amir Shohmurod saroyida tarixchi Muhammad Yaʼqub Buxoriy ibn Amir Doniyolbiy (Shohmurodning ukasi), tarixchi va shoir Mirzo Sodiq Jondoriy faoliyat koʻrsatgan. Mirzo Sodiq Jondoriy “Futuhoti Amiri masʼum (Shohmurod) va Amir Haydar” hamda “Tarixi Manzum” asarlarini yozgan. Amir Shohmurodning oʻgʻli Mir Husayn (u Miriy nomi bilan mashhur boʻlgan) “Mahazanut taqvo” asarini yozib, unda mangʻitlar sulolasi (Muhammad Rahimxon davridan Amir Haydargacha) va naqshbandiylik tariqati toʻgʻrisida muhim maʼlumotlar bergan. Qozi va soʻfiy Humuliy oʻzining mashhur “Tarixi Humuliy” asarini shu davrda yaratgan [10: 38]. Bu asarlar orqali mangʻitlar davrida Buxoro amirligining ijtimoiy-siyosiy va madaniy hayoti haqida tarixiy maʼlumotlarga ega boʻlish mumkin. Buxoro amirlari Doniyolbiy va Amir Shohmurodlar davrida Buxoroda tabobat ilmini rivojlantirishga ham eʼtibor qaratilgan boʻlib, Subhonquli Ashtarxoniy bunyod ettirgan Dorul shifo madrasasi tolibi ilmlar bilan gavjum boʻlgan. Hunarmandlik ustaxonalaridagi bosh ustalarga yoʻnalishlar boʻyicha shogirdlar tayyorlash boʻyicha topshiriqlar berilgan.
Xulosa qilib aytganda, Buxoro amirlari Doniyolbiy va Shohmurodlar davrida taʼlim tizimi alohida eʼtiborli soha boʻlgan. Hukmdorlar yoshlarning bilim olishga ishtiyoqini oshirish, turli sohalarda xizmat qiladigan malakali xodimlar tayyorlash uchun maktab va madrasalardagi taʼlim jarayonlarini nazoratga oldi. Ilm-fan sohasida diniy fanlar, falsafa va tarix sohasida faoliyat yurituvchi ulamolar yetakchilik qildi. Tabiiy va aniq fanlar sohasida esa, oʻrta mutafakkirlari Ibn Sino, Abu Rayhon Beruniy, Xorazmiy, Abu Nasr Forobiylarning ilmiy tadqiqotlariga tayanildi.